Dalam rangka menuju pencapaian visi dan misi YPPQ, maka ditetapkan langkah-langkah strategis sebagai berikut :
- Pemantapan kemampuan kelembagaan (yayasan, sekolah / madrasah dan asrama).
- Peningkatan kualitas sumber daya pendidikan (pengurus yayasan, kepala sekolah / madrasah, tenaga administasi, dewan guru, orang tua santri / murid sebagai satu kesatuan).
- Pengembangan kurikulum sebagai struktur keilmuan pesantren.
- Pengembangan lingkungan pendidikan, pemantapan dan internalisasi nilai-nilai pesantren bagi seluruh warga YPPQ.
- Peningkatan sarana dan prasarana.
- Pengingkatan indikator evaluasi keberhasilan (quality control).
- Pengembangan kemitraaan saling menguntungkan.
- Pengembangan sumber dana.
